La Junta Arbitral es el órgano encargado de resolver los conflictos que se susciten entre las administraciones en relación con la aplicación del Concierto Económico, sea por cuestiones de competencia, sea por la aplicación de las disposiciones del Concierto a relaciones tributarias específicas o individuales.

La Junta Arbitral estará integrada por tres miembros designados entre expertos de reconocido prestigio con más de quince años de ejercicio profesional en materia tributaria o hacendística y cuyo nombramiento se formalizará por el Ministro de Hacienda y por el Consejero de Hacienda del Gobierno Vasco, permaneciendo en su cargo por un periodo de seis años.

La adopción de acuerdos en el seno de la Junta Arbitral se regirá por las normas generales del derecho administrativo, si bien sus acuerdos tienen la particularidad de que únicamente serán susceptibles de recurso en vía contencioso-administrativa ante el Tribunal Supremo.

Las funciones atribuidas a la Junta Arbitral son las siguientes.

1. Resolver los conflictos que se planteen entre la Administración del Estado y las Diputaciones Forales o entre éstas y la administración de cualquier otra Comunidad Autónoma, en relación con la aplicación de los puntos de conexión de los tributos concertados y la determinación de la proporción correspondiente a cada administración en los supuestos de tributación conjunta por el Impuesto sobre Sociedades o por el Impuesto sobre el Valor Añadido.

2. Conocer de los conflictos que surjan entre las administraciones interesadas como consecuencia de la interpretación y aplicación del Concierto Económico a casos concretos concernientes a relaciones tributarias individuales.

3. Resolver las discrepancias que puedan producirse respecto a la domiciliación de los contribuyentes.

Señalar, por último, que el planteamiento del conflicto ante la Junta Arbitral provocará la suspensión de las actuaciones administrativas que se vinieran desarrollando hasta la resolución del mismo y que el procedimiento ante aquélla ha sido desarrollado mediante la aprobación de su reglamento contenido en el Real Decreto 1760/2007, de 28 de diciembre.