La Ley de Cupo para el quinquenio 2007 a 2011 contiene dos disposiciones adicionales que determinan flujos financieros complementarios incorporados al cupo líquido a pagar.

En concreto, la Disposición Adicional Primera mantiene vigente lo establecido en la también Disposición Adicional Primera de la Ley 37/1997, de 4 de agosto, por la que se aprueba la metodología de determinación del Cupo del País Vasco para el quinquenio 1997-2001. En esta última se establecieron determinadas "compensaciones financieras" justificadas en la búsqueda de neutralidad, asumida a la hora de la concertación de los Impuestos Especiales de Fabricación en 1997. Su importe viene determinado por el resultado de aplicar a la recaudación prevista (en el cupo provisional) o realizada (en el cupo definitivo) para cada figura gravada por el Impuesto Especial, la diferencia entre el índice de imputación (6,24%) y los porcentajes de consumo respectivos estimados para el País Vasco (7,13 % para Alcohol y Bebidas Derivadas, Productos Intermedios y Cerveza, 6,56 % para Hidrocarburos y 4,4 % para las Labores del Tabaco).

Por su parte, la Disposición Adicional Tercera prevé la aplicación al País Vasco de determinadas disposiciones y acuerdos alcanzados en tres materias: la configuración del Sistema para la Autonomía y Atención a la Dependencia, el desarrollo de la Ley Orgánica de Educación y las acordadas en la Conferencia de Presidentes celebrada el 10 de septiembre de 2005 para la financiación de la sanidad. En todos los casos se trata de financiación adicional para el desarrollo de las señaladas funciones de gasto de la que el País Vasco participa en proporción a su índice de imputación (6,24%).